En 2001, Frédéric Paques est en dernière année d’Histoire de l’art à l’ULg quand apparaît un nouveau cours dans le programme proposé aux étudiants : le cours d’Histoire de la bande dessinée, encadré par Erwin Dejasse. Ce cours, qu’il choisit de suivre, l’incite à se tourner vers le champ du neuvième art pour son choix de sujet de mémoire au détriment de sa première intention, un mémoire sur le Moyen-âge.

Diplômé, il part à Angoulême pour un DES en muséologie. Là, pendant trois mois, il travaille au musée de la bande dessinée d’Angoulême. « C’est sans aucun doute cette expérience qui m’a poussé à me lancer dans la recherche en bande dessinée », confie-t-il. Il devra toutefois attendre quelques années avant de recevoir le financement nécessaire au lancement de sa recherche. Entre 2003 et 2007, il est donc enseignant dans le secondaire, notamment, mais garde tout de même un pied dans le « bain bédéique » en collaborant à la revue 9e art d’Angoulême et en participant à diverses expositions.
Fin 2006, il obtient enfin une bourse de doctorat pour mener à bien une thèse sur les premiers temps de la bande dessinée belge : il s’intéresse à une période très peu explorée, sinon oubliée, de l’histoire de la bd belge en région wallonne et bruxelloise allant de 1830 à 1914. Pendant sa thèse, il est à deux reprises commissaire scientifique dans le cadre d’expositions prenant leurs quartiers aux Collections artistiques de l’ULg l’une portant sur les éditions Gordinne ; l’autre faisant la part belle à une auteure de bd contemporaine, Dominique Goblet.